Seit 1. August 2010 sind das Edith-Stein-Gymnasium und die Edith-Stein-Realschule in der Trägerschaft der Gemeinnützigen St. Dominikus Schulen GmbH, einer Tochtergesellschaft der St. Dominikus Stiftung Speyer.

Ehemaliger Schulträger war die Kongregation der Dominikanerinnen von St. Magdalena in Speyer. Die Schwesterngemeinschaft wurde 1228 als eine Gemeinschaft von Reuerinnen oder "Büßerinnen der hl. Maria Magdalena" gegründet. 1304 tratendie Schwestern in den Dominikanerorden über. Ihrem neuen apostolischen Ordensideal entsprechend begannen sie, Mädchen im Kloster zu erziehen und zu unterrichten. Am Anfang des 19. Jahrhunderts leisteten sie den Auf- und Ausbau eines beachtlichen Schul- und Erziehungswesens. So entstanden in St. Magdalena einige für Speyer und die Pfalz neue bedeutsame Mädchenschultypen: 1816 eine private Mädchenschule mit höherem Bildungsanspruch, 1829 eine öffentliche Mädchenvolksschule, 1839 eine Höhere Töchterschule, 1841 ein Lehrerinnenseminar (ab 1884 Lehrerinnenbildungsanstalt der Pfalz) sowie 1885 eine Frauenarbeitsschule und eine Handelsschule.

All diese Schulen sowie weitere Institute der Dominikanerinnen, die inzwischen in Ludwigshafen und Mannheim entstanden waren, wurden 1937/38 von der national-sozialistischen Regierung geschlossen. Die dadurch in Deutschland zur Untätigkeit verurteilten Ordenslehrerinnen gingen, von Bischöfen angefordert, nach Peru und Brasilien, wo sie Missionsstationen mit noch heute erfolgreichen Schulen gründeten. 

Nach dem Zusammenbruch der nationalsozialistischen Herrschaft wurden noch im Oktober 1945 in St. Magdalena die Klostervolksschule und die Höhere Mädchenschule wiedereröffnet. Da die Zahl der Schülerinnen von Jahr zu Jahr wuchs, wurde 1957 im Westen der Stadt Speyer ein Schulneubau errichtet. Das Gymnasium und die Realschule, die hier ihren Platz fanden, erhielten den Namen Edith Steins, der 1922 zum Christentum konvertierten Jüdin, Philosophin, Pädagogin und Karmelitin, die von 1923 bis 1931 an den Vorgängerschulen in St. Magdalena in Speyer als Lehrerin tätig war. Sie fand 1942 im Vernichtungslager Auschwitz den Tod. Am 1. Mai 1987 wurde sie selig gesprochen, am 11. Oktober 1998 in Rom heilig gesprochen.